연말정산 시즌 퇴사 |인사 담당자를 위한 퇴직 처리 실무 가이드

1~2월 퇴사자가 발생하면 챙겨야 할 것이 배로 늘어납니다. 퇴직일 확정 기준부터 퇴직금 평균임금 산정, 중도 퇴사자 연말정산, 4대 보험 상실 신고까지. 법적 리스크를 0%로 만드는 상세 실무 가이드와 체크리스트를 제공합니다.
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Dec 09, 2025
연말정산 시즌 퇴사 |인사 담당자를 위한 퇴직 처리 실무 가이드

13월의 월급을 정산하는 연말정산 시즌, 인사 담당자의 책상은 각종 증빙 서류와 신고 자료로 발 디딜 틈이 없습니다. 그런데 아이러니하게도 1년 중 퇴사 통보가 가장 빈번한 시기 또한 1월과 2월입니다. 연말 성과급 수령 직후 이직을 결심하거나, 새로운 해를 맞아 커리어 전환을 시도하는 직원이 많기 때문입니다.

회사 입장에서는 핵심 인재의 유출이 뼈아프지만, 실무를 담당하는 인사 담당자에게는 행정 업무의 폭주가 더 큰 공포로 다가옵니다. 안 그래도 바쁜 시기에 퇴직금 산정, 4대 보험 상실 신고, 중도 퇴사자 연말정산까지 겹치면 야근은 필수가 되기 십상입니다. 무엇보다 퇴사 처리는 돈과 법이 얽혀 있어 작은 실수 하나가 임금체불 진정이나 과태료 부과라는 치명적인 리스크로 돌아올 수 있습니다.

복잡한 이별의 과정, 감정 소모는 줄이고 법적 리스크는 완벽하게 차단하는 퇴사자 관리 심화 가이드를 정리해 드립니다.
 

마지막 출근일 ≠ 퇴직일

회사 건물을 바라보고 서있는 여성

퇴직 의사를 확인하면 가장 먼저 확정해야 하는 것은 퇴직일입니다. 많은 분들이 '마지막으로 회사에 나온 날'을 퇴직일로 생각하시지만, 행정적으로 퇴직일은 '마지막 근로일의 다음 날’을 의미합니다. 이 날짜 하루 차이로 퇴직금 액수와 주휴수당 지급 의무가 달라지므로 명확한 기준을 세워야 합니다.

금요일 퇴사 vs 월요일 퇴사

직원이 이번 주 금요일까지만 일하고 그만두겠다라고 했을 때, 퇴직일(상실일)을 언제로 잡느냐에 따라 정산 결과가 달라집니다.

Case A. 토요일을 퇴직일로 처리하는 경우

금요일까지 근무하고, 바로 다음 날인 토요일에 근로관계가 종료되는 케이스입니다.

  • 퇴직일: 토요일

  • 주휴수당: 해당 주의 소정근로일은 개근했으나, 일요일까지 근로관계가 유지되지 않았으므로 주휴수당이 발생하지 않습니다. 

Case B. 월요일을 퇴직일로 처리하는 경우

금요일까지 근무했지만, 일요일까지 재직한 것으로 인정하고 월요일을 퇴직일로 지정하는 경우입니다.

  • 퇴직일: 월요일

  • 주휴수당: 일요일까지 재직한 것이 되므로, 주휴수당이 포함된 급여를 지급해야 합니다. 즉, 퇴사자는 사실상 '하루치 일급'을 더 받고 나가는 셈입니다.

💡 실무 Tip: 분쟁을 예방하기 위해 사직서에는 마지막 근무일과 퇴직일을 구분하여 기재하는 것이 좋습니다.

ex) 마지막 근무일: 2026.01.23(금) / 퇴직일: 2026.01.24(토)

퇴직금 처리 방법

근로기준법 제36조에 따라 사용자는 근로자가 사망하거나 퇴직한 경우에는 그 지급 사유가 발생한 때부터 14일 이내에 임금, 보상금, 그 밖의 모든 금품을 지급해야 합니다. 당사자 간의 합의 없이 이 기한을 넘기면 연 20%의 지연 이자가 발생할 뿐만 아니라, 임금체불로 형사 처벌의 대상이 될 수 있습니다.

① 퇴직금 산정

퇴직금은 [(평균임금 × 30일) × 총 재직일수 ÷ 365]로 계산됩니다. 핵심은 평균임금입니다. 퇴직 전 3개월 동안 근로자에게 지급된 임금의 총액을 그 기간의 총일수로 나눈 금액을 말합니다.

여기서 실무자들이 가장 혼란스러워하는 두 가지 항목을 짚어드립니다.

1) 연차유급휴가 미사용 수당의 산입 여부 

연차 수당을 평균임금에 넣을지 말지에 대해서는 대법원 판례와 노동부 지침 간에 일부 견해 차이가 있습니다. 하지만 실무에서는 혼란을 방지하고 이중 계산을 막기 위해 고용노동부 행정해석을 따르는 것이 일반적입니다.

✅ 산입 대상: 퇴직 전전년도 출근율에 의해 퇴직 전년도에 발생한 연차 중, 미사용하여 지급된 수당의 3/12은 평균임금 산정 기준에 포함합니다.

❌ 산입 제외: 퇴직 전년도 출근율에 의해 퇴직년도에 발생한 연차(퇴직으로 인해 비로소 발생하는 수당)는 평균임금에 포함하지 않습니다. 이는 산정 사유 발생일 이전에 지급된 임금이 아니기 때문입니다. (고용노동부 지침 임금근로시간정책팀-3295, 2007.11.05)

2) 정기 상여금의 산입 여부 

상여금이 취업규칙 등에 지급 조건, 금액, 시기가 정해져 있고 전 직원에게 관례적으로 지급되어 왔다면, 이는 근로의 대가인 임금으로 보아 평균임금 산정에 포함해야 합니다. (대법원 2018다231536 판결)

② 잔여 연차 정산: 통상임금 기준

퇴사 시점까지 사용하지 못한 연차는 수당으로 환산하여 지급해야 합니다. 이때 기준이 되는 임금은 평균임금이 아닌 통상임금입니다. 1일 통상임금에 미사용 연차 일수를 곱하여 산정합니다.

퇴사한 직원 연말정산도 회사에서 해주나요?

책상 위에 노트북, 계산기, 태블릿이 놓여있고 사람 손에 연필이 들려있는 모습

1~2월 퇴사자가 발생하면 보통 가장 궁금해 하는 부분이 중도 퇴사자의 연말정산인데요. 결론은 기본 공제만 반영하여 정산입니다.

퇴사자는 연말정산 대상자가 아니므로, 퇴사 시점에는 보험료, 의료비, 교육비, 신용카드 등 상세 공제 내역을 반영하지 않습니다(소득세법 제137조). 담당자는 다음 절차만 밟으면 됩니다.

  1. 퇴사월 급여 지급 시, 근로소득세 연말정산(중도퇴사자 정산)을 진행합니다. (기본공제만 적용)

  2. 근로소득 원천징수영수증을 발급하여 퇴사자에게 교부합니다.

  3. 퇴사자에게 "이번에는 약식으로 정산되었으니, 5월 종합소득세 신고 기간에 홈택스 등을 통해 직접 확정 신고를 하셔야 공제 혜택을 받을 수 있다"고 안내합니다.

4대 보험과 보안 유지

돈 문제가 해결되었다면 행정적인 마무리가 남았습니다.

  • 4대 보험 상실 신고: 퇴직일이 속하는 달의 다음 달 15일까지 근로복지공단(고용·산재), 국민연금공단, 국민건강보험공단에 상실 신고를 해야 합니다.

  • 이직확인서 발급: 퇴사자가 실업급여를 신청하려면 이직확인서가 필요합니다. 최근에는 퇴사 처리와 동시에 관할 고용센터에 제출해 두는 것이 추후 업무 연락을 줄이는 방법입니다. (고용보험법 제16조 및 제42조)

  • 정보 보안 및 계정 회수: 사내 메신저, 그룹웨어, 클라우드 저장소, SaaS 계정 등에 대한 접근 권한을 퇴직 시점에 차단해야 정보 유출 사고를 막을 수 있습니다.
     

복잡한 계산과 리스크를 다우오피스 HR로 해결하세요

여기까지 읽으셨다면 "챙길 게 너무 많아서 머리가 아프다"는 생각이 드실 겁니다. 엑셀로 이 모든 것을 계산하고 관리하는 것은 비효율적일 뿐만 아니라 위험합니다. 다우오피스HR은 복잡한 퇴사 처리 프로세스를 시스템화하여 담당자의 짐을 덜어드립니다.

① 클릭으로 끝나는 퇴직금 산정

복잡한 평균임금 산정 기간, 상여금 포함 비율 등을 일일이 계산할 필요가 없습니다. 시스템에 입력된 최근 3개월 급여 및 1년간의 상여금 데이터를 불러와 평균임금을 자동으로 계산합니다. 연차수당 등 변동 항목은 담당자가 직접 계산하여 입력할 수 있는 필드를 제공하여, 회사 규정에 맞는 정밀한 정산이 가능합니다.

② 증명서 발급 시스템

퇴사 후 담당자를 가장 괴롭히는 "경력증명서 좀 떼주세요", "원천징수영수증 다시 보내주세요"라는 연락에서 해방될 수 있습니다. 다우오피스 HR 증명서 발급 신청 메뉴에서는 경력증명서, 재직증명서, 소득자별 근로소득원천징수부 3가지 서류를 지원합니다. 직원이 직접 필요한 서류를 신청하고 담당자가 수락만 하면 바로 조회할수 있어 불필요한 커뮤니케이션 비용을 줄여줍니다.

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